Three-dimensional visualization for phylogenetic tree

Research output: Contribution to journalArticleResearchpeer-review

Abstract

Филогенетические деревья используются для демонстрации эволюционной взаимосвязи между видами. Предыдущие исследования показали, что существует корреляция между мутациями и изменениями физико-химических свойств аминокислот. Рассмотрение физико-химических изменений белка дает дополнительные точки зрения на изучение процесса мутации. Система VirTree была разработана для визуализации ультраметрических филогенетических деревьев. Система создает трехмерное представление деревьев, а кроме того обеспечивает представление в среде виртуальной реальности. Система кластеризует объекты филогенетического дерева на основе физико-химических свойств аминокислоты, в то время как каждый лист имеет свою последовательность белка. Листья данного дерева также могут быть кластеризованы на основе структуры дерева и ветви, в которой они расположены. Добавление новой мерности дает возможность визуализировать каждый кластер индивидуально. Алгоритм кластеризации использует метрику на основе преобразования вейвлет-пакетов и метода классического многомерного шкалирования...
Translated title of the contributionТРЕХМЕРНАЯ ВИЗУАЛИЗАЦИЯ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ ДЕРЕВЬЕВ
Original languageEnglish
Pages (from-to)59-66
Number of pages8
JournalScientific Visualization
Volume9
Issue number4
Publication statusPublished - 1 Jan 2017

Fingerprint

Virtual reality
Visualization
Chemical properties
Amino acids
Proteins

Keywords

  • Physico-chemical property
  • Scientific visualization
  • Ultrametric phylogenetic tree
  • Viewlang
  • Virtual reality

ASJC Scopus subject areas

  • Software
  • Computer Vision and Pattern Recognition

GRNTI

  • 50.00.00 AUTOMATION. COMPUTER ENGINEERING

Level of Research Output

  • VAK List

Cite this

@article{41bfa67f1ddb43ca8c855e425093f6a3,
title = "Three-dimensional visualization for phylogenetic tree",
abstract = "Филогенетические деревья используются для демонстрации эволюционной взаимосвязи между видами. Предыдущие исследования показали, что существует корреляция между мутациями и изменениями физико-химических свойств аминокислот. Рассмотрение физико-химических изменений белка дает дополнительные точки зрения на изучение процесса мутации. Система VirTree была разработана для визуализации ультраметрических филогенетических деревьев. Система создает трехмерное представление деревьев, а кроме того обеспечивает представление в среде виртуальной реальности. Система кластеризует объекты филогенетического дерева на основе физико-химических свойств аминокислоты, в то время как каждый лист имеет свою последовательность белка. Листья данного дерева также могут быть кластеризованы на основе структуры дерева и ветви, в которой они расположены. Добавление новой мерности дает возможность визуализировать каждый кластер индивидуально. Алгоритм кластеризации использует метрику на основе преобразования вейвлет-пакетов и метода классического многомерного шкалирования...",
keywords = "Physico-chemical property, Scientific visualization, Ultrametric phylogenetic tree, Viewlang, Virtual reality",
author = "P. Vasev and V. Averbukh and M. Forghani",
year = "2017",
month = "1",
day = "1",
language = "English",
volume = "9",
pages = "59--66",
journal = "Научная визуализация",
issn = "2079-3537",
publisher = "Национальный исследовательский ядерный университет {"}МИФИ{"}",
number = "4",

}

Three-dimensional visualization for phylogenetic tree. / Vasev, P.; Averbukh, V.; Forghani, M.

In: Scientific Visualization, Vol. 9, No. 4, 01.01.2017, p. 59-66.

Research output: Contribution to journalArticleResearchpeer-review

TY - JOUR

T1 - Three-dimensional visualization for phylogenetic tree

AU - Vasev, P.

AU - Averbukh, V.

AU - Forghani, M.

PY - 2017/1/1

Y1 - 2017/1/1

N2 - Филогенетические деревья используются для демонстрации эволюционной взаимосвязи между видами. Предыдущие исследования показали, что существует корреляция между мутациями и изменениями физико-химических свойств аминокислот. Рассмотрение физико-химических изменений белка дает дополнительные точки зрения на изучение процесса мутации. Система VirTree была разработана для визуализации ультраметрических филогенетических деревьев. Система создает трехмерное представление деревьев, а кроме того обеспечивает представление в среде виртуальной реальности. Система кластеризует объекты филогенетического дерева на основе физико-химических свойств аминокислоты, в то время как каждый лист имеет свою последовательность белка. Листья данного дерева также могут быть кластеризованы на основе структуры дерева и ветви, в которой они расположены. Добавление новой мерности дает возможность визуализировать каждый кластер индивидуально. Алгоритм кластеризации использует метрику на основе преобразования вейвлет-пакетов и метода классического многомерного шкалирования...

AB - Филогенетические деревья используются для демонстрации эволюционной взаимосвязи между видами. Предыдущие исследования показали, что существует корреляция между мутациями и изменениями физико-химических свойств аминокислот. Рассмотрение физико-химических изменений белка дает дополнительные точки зрения на изучение процесса мутации. Система VirTree была разработана для визуализации ультраметрических филогенетических деревьев. Система создает трехмерное представление деревьев, а кроме того обеспечивает представление в среде виртуальной реальности. Система кластеризует объекты филогенетического дерева на основе физико-химических свойств аминокислоты, в то время как каждый лист имеет свою последовательность белка. Листья данного дерева также могут быть кластеризованы на основе структуры дерева и ветви, в которой они расположены. Добавление новой мерности дает возможность визуализировать каждый кластер индивидуально. Алгоритм кластеризации использует метрику на основе преобразования вейвлет-пакетов и метода классического многомерного шкалирования...

KW - Physico-chemical property

KW - Scientific visualization

KW - Ultrametric phylogenetic tree

KW - Viewlang

KW - Virtual reality

UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=85037078351&partnerID=8YFLogxK

UR - http://elibrary.ru/item.asp?id=36685879

M3 - Article

VL - 9

SP - 59

EP - 66

JO - Научная визуализация

JF - Научная визуализация

SN - 2079-3537

IS - 4

ER -