Актуальность проблематики нелинейности в экономике доказывается наличием достаточно большого количества отечественных и зарубежных исследований в данной области. В силу того, что современные экономические процессы не находятся в состоянии строгой детерминированности, четкой определенности, саморегуляции, линейный подход к анализу экономических систем становится не актуальным и малоэффективным. Он не способен отразить поведение экономики в условиях неопределенности, неустойчивости и неравновесия. В статье рассмотрена применимость понятия нелинейности к экономике российских высших учебных заведений. Анализ данного вопроса невозможен без предварительного исследования тенденций нелинейного развития экономики России. Под нелинейностью экономической системы автором понимается сложное, многовариантное поведение системы, вызванное нестабильным, неопределенным, неустойчивым воздействием как внешних, так и внутренних социально-экономических факторов. Автором рассматриваются основные тенденции нелинейного развития экономики России: неоднозначное отношение к инновациям в стране, непостоянность акцентов в инновационном развитии государства, усиление нелинейности экономического развития под влиянием глобальных мегатрендов и др. Отмечается, что линейные принципы стимулирования инновационного развития экономики до сих пор применяются в стране на различных государственных управленческих уровнях. Автором выделены элементы нелинейности в развитии экономической среды высшей школы России: сочетание бюджетного и контрактного приема в вузы, «болезнь издержек» на рынке высшей школы, развитие фондов целевого капитала, грантовая активность вузов.