БИОЛОГИЧЕСКИЙ МИКРОЧИП ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СТРУКТУРЫ ХИМЕРНЫХ ТРАНСКРИПТОВ С УЧАСТИЕМ ГЕНА MLL У ДЕТЕЙ, БОЛЬНЫХ ОСТРЫМИ ЛЕЙКОЗАМИ

T. V. Nasedkina, A. Yu Ikonnikova, G. A. Tsaur, A. V. Karateeva, Yu I. Ammour, M. A. Avdonina, A. I. Karachunskii, A. S. Zasedatelev

Результат исследований: Вклад в журналСтатья

1 Цитирования (Scopus)

Аннотация

Ген MLL участвует в образовании химерных генов с более чем сотней генов-партнеров, около 80 из них охарактеризовано на молекулярном уровне. Перестройки гена MLL часто встречаются у больных детей на первом году жизни (в 60–80% случаев острого лимфобластного лейкоза, ОЛЛ, и в 40–50% случаев острого миелоидного лейкоза, ОМЛ) и заметно реже у детей старше одного года. Перестройки гена MLL являются важными маркерами в диагностике и при выборе протокола лечения. Идентификация гена-партнера принципиально важна для прогноза и дальнейшего мониторинга минимальной остаточной болезни. Информацию предоставляет также структура химерного гена, в частности локализация точек разрыва в гене MLL. Нами разработан метод анализа хромосомных перестроек для определения шести наиболее часто встречающихся генов-партнеров, а также экзонной структуры перестроенного гена MLL. Метод включает проведение мультиплексной обратно-транскриптазной полимеразной цепной реакции (ОТ-ПЦР) с одновременным флуоресцентным маркированием амплифицируемого участка химерного транскрипта, и далее гибридизацию на биологическом микрочипе с иммобилизованными олигонуклеотидами, комплементарными участкам экзонов гена MLL и генов-партнеров AFF1, MLLT1, MLLT3, MLLT4, MLLT10, ELL. Для верификации результатов гибридизации проводили секвенирование ПЦР-продуктов ОТ-ПЦР и в ряде случаев использовали данные длинной инвертированной ПЦР. Исследовано 38 образцов костного мозга от больных ОЛЛ (из них 33 от детей до года) и 15 образцов от больных ОМЛ (от детей до года – 10). В случае заболевания ОЛЛ выявлялись, в основном, гены-партнеры AFF1 (49%) и реже – MLLT1 (27%), MLLT3 (12%) и MLLT10 (12%); в случае ОМЛ обнаруживались, в основном, гены MLLT3 (80%), а также гены MLLT10 (10%) и MLLT4 (10%). Наиболее часто химерный транскрипт включает 11-ый экзон гена MLL (58% при ОЛЛ и 50% при ОМЛ), что свидетельствует о локализации точек разрыва ДНК гена MLL в 11-ом интроне этого гена.
Переведенное названиеBiological microchip for establishing the structure of fusion transcripts involving MLL in children with acute leukemia
Язык оригиналаРусский
Страницы (с-по)968-977
Число страниц10
ЖурналMolekuliarnaia biologiia
Том50
Номер выпуска6
DOI
СостояниеОпубликовано - 1 ноя 2016

Предметные области ASJC Scopus

  • Medicine(all)

ГРНТИ

  • 34.00.00 БИОЛОГИЯ

Уровень публикации

  • Перечень ВАК

Fingerprint Подробные сведения о темах исследования «БИОЛОГИЧЕСКИЙ МИКРОЧИП ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СТРУКТУРЫ ХИМЕРНЫХ ТРАНСКРИПТОВ С УЧАСТИЕМ ГЕНА MLL У ДЕТЕЙ, БОЛЬНЫХ ОСТРЫМИ ЛЕЙКОЗАМИ». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

Цитировать